Dianggap memiliki kesamaan dengan Bale Kulkul (bangunan untuk menyimpan kentongan di Bali), Menara Kudus dibangun menggunakan batu bata merah dengan kemiripan bentuk seperti candi daerah Jawa Timur.
Itulah yang menjadikan Masjid Menara Kudus ini unik dan menarik, sebab terdapat makna tenggang rasa (tepa selira) dibalik arsitektur dan karakteristik bangunan tersebut.
Hal tersebut tidak lepas dari peranan Sunan Kudus dalam proses mendakwahkan ajaran Islam, yakni dengan melakukan adaptasi terhadap budaya Hindu-Buddha.
Demikian keunikan-keunikan yang melekat pada bagunan Masjid Al-Aqsha Menara Kudus, yang tidak lepas dengan bukti nyata asimilasi budaya.***