Pondok pesantren yang terletak di Jl. K.H.M. Arwani Amin No 12 RT 01 RW 03 Kudus ini didirikan pada tahun 2008 oleh K.H. Arifin Nur dan Ibu Hj. Marhatul Latifah, yang mana keduanya adalah alumni dari Pondok Pesantren Yanbu'ul Qur'an. Maka, tak heran jika pondok ini mengikuti pondok Yanbu'ul Qur'an.
3. Pondok Pesantren Yasin
Pondok pesantren salafiyah ini didirikan pada tahun 1985 oleh K.H. Abdullah Zaini Nadirun. Sama seperti pondok-pondok sebelumnya, pondok ini juga fokus pada pembelajaran tahfidz Al Qur'an. Selain itu, para santri juga dibekali dengan kemampuan membaca kitab kuning.
Pondok pesantren yang terletak di kelurahan Sunggingan RT 01 RW 03 kecamatan Kota ini, juga membekali para siswa keterampilan lain, seperti tilawah, pidato, rebana, teknologi informasi, dan sebagainya.
Baca Juga: Kunci Jawaban Kelas 1 SD/MI Tema 7 Halaman 8 dan 9 Materi Menyebutkan Benda di Dalam Kelas
4. Pondok Pesantren Raudlatul Muta'allimin
Pondok pesantren yang masih bercorak salafiyah ini bisa dikatakan merupakan salah satu pesantren tertua yang ada di kudus, tepatnya berdiri pada tahun 1920. Adapun pendiri dari pondok pesantren yang terkenal sebagai pesantren Jagalan ini adalah Mbah Irsyad.
Sebagai pondok pesantren salafiyah, Raudlotul Muta'allimin ini memiliki dua program yang bisa dipilih sesuai dengan keinginan santri. Program tersebut yaitu program salaf dengan kajian kitab kuning dan program tahfidz.
5. Pondok Pesantren Muhammadiyah
Pondok pesantren yang langsung dikelola oleh pengurus Muhammadiyah Kudus ini didirikan pada tahun 2001. Pesantren ini memiliki visi "Membentuk santri yang faqih dalam ilmu, mulia dalam akhlak, dan prima dalam prestasi."